Pertama kali, Naruto dilihatkan sedang melawan sesosok monster besar berwarna ungu yang memiliki sesuatu yang berbentuk ekor tajam yang banyak sekali di suatu tempat seperti gunung lava. Naruto menggunakan Bunshin Taiatari atau Clone Tackle, namun semua itu gagal. Tapi, semua cloning Naruto hancur karena monster tersebut mengibaskan ekor tajamnya. Ekor ini sepertinya memiliki kepala. Atau bahkan ini bukan ekor, tapi kepala dalam jumlah banyak, membingungkan!!! Setelah itu, Naruto terlihat tertusuk oleh ekor monster tersebut. Bercak darahnyasampai ke wajahnya sendiri. Kemudian ada seorang wanita yang menjerit menyebut nama ''Naruto...'' yang kemudian nama wanita itu diketahui yaitu Shion. Setelah itu, terlihat konoha sedang menguburkan seseorang yang telah tewas. Terlihat juga Sakura, Neji, Lee, serta ninja chuunin lainnya ikut menguburkan orang tersebut. Kemudian, terlihat bahwa kuburan tersebut adalah kuburan Uzumaki Naruto. Kemudian juga terlihat Tsunade. Lalu film yang sebenarnya pun dimulai.
Musuh Naruto di Naruto the Movie 1 adalah Mouryou. Mouryou adalah iblis dari dunia lain. Dulu, banyak kelompok ninja yang menggunakan kekuatan Mouryou untuk menciptakan tentara yang kuat untuk mengambil alih dunia dengan membuat the one-thousand year kingdom. Mouryou mengontrol tentara ini seperti boneka yang biasa ninja dari Sunagakure lakukan. Tapi, Mouryou tidak menggunakan benang Cakra untuk mengontrol seluruh tentara tersebut. Mouryou dapat hanya dengan satu langkah saja untuk menghancurkan semua benua. Tentara ini dinamakan The Ghost Army. Hal itu berubah setelah seorang pendeta wanita dari Demon Country, Miroku, menggunakan ninjutsu yang sangat hebat untuk menyegel hati Mouryou di Istana bawah tanah di desa Demon Country sendiri dan menyegel tubuh Mouryou di suatu tempat suci di Swamp Country. Miroku berharap dengan menyegel Mouryou di dua tempat yang berbeda, dia dapat menghilangkan ambisi dari semua orang untuk menggunakan The Ghost Army.
Tapi sekarang, ada kelompok ninja yang telah membebaskan hati Mouryou dan meletakkan hati Mouryou ke dalam tubuh ketua kelompok ninja ini, Yomi yang punya 4 anak buah. Ninja ini menggunakan Ilmu Pengobatan kegelapan. Ninja ini bermaksud membebaskan Mouryou dengan tujuan untuk menggunakan The Ghost Army untuk menguasai dunia dengan bantuan Mouryou. Hati Mouryou diletakkan di dalam tubuh Yomi untuk sementara waktu. Dan sekarang ninja ini bermaksud untuk menyerang Demon Country. Hanya ada satu yang dapat menyegel hati Mouryou kembali, yaitu Shion, seorang pendeta wanita dari Demon Country sendiri yang telah mewarisi kekuatan dari Miroku, orang yang telah menyegel Mouryou. Dan Shion adalah anak dari Miroku. Tapi, kelompok ninja yang membangkitkan Mouryou akan menyerang Demon Country dan akan membunuh Shion. Shion pun dalam bahaya. Seorang penjaga gerbang Demon Country yang telah mengetahui kedatangan The Ghost Army, menggunakan seekor burung untuk meminta bantuan ke Konoha.
Tsunade memerintahkan tim khusus yang terdiri dari Kakashi, Gai, Shikamaru, Tenten, Temari, dan lainnya untuk menghancurkan The Ghost Army. Naruto, Sakura, Lee, dan Neji diperintahkan untuk menjadi bodyguard dari Shion dan membantunya untuk menyegel kembali Mouryou. Disini, Lee sebagai pengganti Uchiha Sasuke dan Neji sebagai pengganti Kakashi dan sebagai ketua. Perjalan pun dimulai. Mereka pergi ke Demon Country.
4 anak buah Yomi yang bernama Gitai, Setsuna, Shizuku, dan Kusuna memiliki Cakra yang dapat berubah-ubah, misal hari ini menggunakan Cakra Air, tapi keesokan hari menggunakan Cakra Api. Mereka menyuntikan Cakra yang berbeda setiap harinya ke dalam tubuh mereka. Jurus ini dinamakan Kyouka Shouhou Chakra Chuunyuu (Chakra Injection of Fortitled Medication). Namun, Cakra ini sedikit dan jika digunakan untuk jurus level tinggi, maka akan segera habis. Keempat ninja ini juga menggabungkan Penguasaan Elemen dan Ninpou (Seni Ninja). Dari keempat ninja ini, yang mati pertama kali adalah Gitai yang menggunakan Cakra Earth (tanah) dan Fire (Api). Ia mati ditangan Lee yang membuka sampai 5 gerbang (Urarenge).
Shion memiliki pengawal yang amat seti dan rela mati, yaitu Susuki dan Taruho. Susuki mati lebih dulu. Taruho mati karena ia menyamar dirinya menjadi Shion dengan jurus Shadow Mirror Shapeshift. Kusuna (Salah satu dari empat ninja) yang mengira Taruho adalah Shion, segera membunuhnya.
Kusuna mati oleh Neji dengan Jyuuken hou, Hakke Rokujuuyonshou (Gentle fist, eight trigrams Sixty Four Strikes), Shizuku mati oleh Sakura, dan Lee membunuh Setsuna. Sebelum mati, Setsuna selalu menggunakan Wind Element (Angin) sedangkan Shizuku menggunakan Fire dan Water. Shizuku merupakan Kunoichi satu-satunya di tim ini.
Jurus-jurus yang sempat keempat ninja ini gunakan adalah:
- Katon Ninpou: Hibashiri (Fire Element Ninja Art: Racing Fire)
- Fuuton Ninpou: Kamikaze (Wind Element: Divine Wind)
- Fuuton: Kami Oroshi (Wind Element: Holy Jet Stream)
- Doton: Tsuchi Kairou (Earth Element: Earth Corridor)
- Doton: Kouka Jutsu (Hardening Technique)
- Suiton: Mizu Kamikiri (Water Element: Water God Slicer)
- Suiton: Suiryuuben (Water Element: Water Dragon Whip)
- Masui Sejutsu (Secret Anestheia Technique)
- Suishuu Gorugon (Powerful Blasting Rain trench)
- Ninpou, Nizu Kawarimi (Ninja Art, Water Replacement Technique)
Pada pertengahan cerita terungkap bahwa Naruto yang mati pada awal film adalah mimpi dari Shion. Shion dapat melihat kejadian yang akan datang alias mempunyai indera ke enam. Ia menafsirkan bahwa, jika Naruto tidak mati, maka dia lah yang akan mati. Namun, tafsirannya salah. Shion dan Naruto tetap hidup sampai akhir film dan mengalahkan Mouryou dengan Rasengan yang merupakan gabungan dari Cakra Shion dan Naruto, yang diberi nama Naruto-Shion Super Chakra Rasengan.
Setelah Mouryou mati, maka seluruh The Ghost Army lenyap. Dan Mouryou bukanlah disegel oleh Shion. Tetapi dibunuh oleh Naruto dan Shion. Dan misi dari Tim ini pun berhasil!!!!
